L'étude d'impact du projet de loi précise que si le préciput constitue aujourd'hui un montant forfaitaire de 11 %, il représentera à terme 40 % de financement pour les établissements. Elle acte donc que les dotations de base sont insuffisantes, reconnaît « la faiblesse actuelle du système » et prône l'augmentation du préciput qui permet de « redonner des marges de manœuvre pour développer une stratégie de développement scientifique solide, de manière vertueuse car liée à leur performance scientifique ». Or, le coût de fonctionnement des laboratoires sera ainsi pris en charge, en partie, par l'Agence nationale de la recherche (ANR)… uniquement pour les plus compétitifs d'entre eux : une vingtaine d'universités seulement capte 80 % des financements des appels à projets.
Aussi, seuls les établissements ayant remporté un appel à projet de l'ANR recevront ce préciput, ce qui accroîtra donc les disparités entre, d'un côté, les établissements et unités de recherche d'excellence qui remporteront des projets et des financements pour leurs équipements et, de l'autre côté, des établissements de « seconde catégorie » qui n'obtiendront pas de financement de l'ANR et devront faire avec des dotations de base, insuffisantes pour fonctionner. C'est la consécration d'un système de recherche à deux vitesses fondé sur la compétition entre établissements.
Pour y remédier, nous proposons que l'Agence nationale de la recherche soit supprimée. Ses fonds seront redistribués aux établissements publics qui pouvaient répondre à ses appels à projet sous la forme d'une dotation de fonctionnement annuelle par personnel titulaire. Les grands équipements seront quant à eux financés par d'autres programmes.