Les liens entre les SPIP et les services d'application des peines doivent normalement être revus dans le cadre d'orientations générales, mais c'est en réalité très difficile dans la mesure où les points de vue divergent. Dans des services d'application des peines dotés de nombreux magistrats, la question de l'indépendance prend souvent le pas, au détriment du contenu des mesures, des procédures et des protocoles à mettre en place. Néanmoins, comme le montre l'exemple de la contrainte pénale, certaines juridictions ont signé des protocoles avec les services d'application des peines, pour définir des profils adaptés à ce type de peine, à travers un travail d'évaluation de ce qui n'avait pas fonctionné avec d'autres peines. Cela est donc envisageable dans d'autres juridictions, mais nécessite souvent d'aller bousculer des identités professionnelles de part et d'autre, et d'y consacrer du temps, de l'énergie et des moyens.