La procédure d'habilitation fait intervenir quatre acteurs. Le point d'entrée de la demande d'habilitation est l'autorité d'emploi, celle qui comptera dans ses effectifs la personne pour laquelle une demande d'autorisation d'accès au secret est présentée. Il y a ensuite l'autorité qui prend la décision d'habilitation, en principe le SGDSN pour le niveau très secret défense et, pour les habilitations des autres niveaux, les ministres des administrations concernées, qui peuvent eux-mêmes déléguer leur signature dans des conditions de droit commun, qui peuvent varier selon les départements ministériels. Évidemment, ceux qui, comme le ministère de l'Intérieur, ont une implantation avec des réseaux territoriaux peuvent décider de déléguer aux préfets certaines décisions d'habilitation ; il s'agit là de l'organisation interne des ministères. Le troisième acteur de la procédure est l'officier de sécurité qui, dans tout organisme dans lequel des personnes habilitées sont employées ou agissent, a pour mission de faire appliquer les règles de protection du secret de la défense nationale.
Le quatrième acteur impliqué dans la procédure est le service enquêteur. Il en existe deux : la direction du renseignement et de la sécurité de la défense (DRSD) pour les personnels militaires et les personnels civils du ministère des Armées, la direction générale de la sécurité intérieure (DGSI) pour les personnels civils. Mise à part la direction générale de la sécurité extérieure (DGSE), qui a un service d'enquêteurs spécifiques pour ses propres agents, la DRSD et la DGSI interviennent pour toutes les autres personnes pour lesquelles une habilitation est demandée. Évidemment, les gros bataillons de personnes habilitées sont au ministère des Armées et au ministère de l'Intérieur, mais on en trouve évidemment à Bercy, au ministère de la Transition écologique et solidaire, notamment dans le champ du nucléaire civil, et, en plus petits effectifs, au Quai d'Orsay, au ministère de la Culture et dans d'autres ministères.
La DRSD et la DGSI sont les deux services entre les mains desquelles sont les procédures d'enquête. C'est à eux que nous-mêmes, en notre qualité d'autorité d'habilitation, faisons appel en fonction du statut du personnel concerné. Nous recevons alors un « avis de sécurité », au regard duquel nous accordons ou n'accordons pas une habilitation. Cette procédure vaut pour tous. Le sujet dépasse largement le champ des agents des services de renseignement : la procédure s'applique à tout agent public et toute personne privée demandant une habilitation.