La hiérarchisation des voeux est nécessaire pour que l'algorithme puisse fonctionner, et ne pose pas de problème en elle-même. La difficulté réside dans le fait qu'il ne faut pas que la manière dont le candidat classe ses voeux soit utilisée par les formations pour classer elles-mêmes les candidats. Par exemple, les classes préparatoires n'ont pas connaissance du classement effectué par les élèves, et n'utilisent pas ce critère, ce qui est une très bonne chose. Le fait que les formations aient accès à cette information induirait des comportements stratégiques qui viendraient annihiler les bonnes propriétés du dispositif. Ce critère est donc à bannir des données mises à disposition des établissements pour classer les candidats. Pour autant, il est indispensable de conserver une hiérarchisation des voeux.