Au sein des groupes, ce sont les filiales qui génèrent la créance du CIR. Afin d'accroître l'équité vis-à-vis des petites entreprises et des entreprises de taille intermédiaire (ETI), et pour réaliser des économies, il est proposé d'instaurer, à l'échelle des groupes d'entreprises, un plafond des dépenses de recherche et développement au-delà duquel le taux du CIR serait réduit à 5 %.
Les entreprises qui financent des instituts publics de recherche bénéficiaient, jusqu'à l'année dernière, d'un doublement du CIR. Pour préserver ce financement, le plafond proposé ne serait pas applicable aux entreprises qui consacrent 30 % de leurs dépenses en recherche et développement pour la réalisation d'opérations confiées à ces instituts publics.