Plusieurs textes réglementaires signés par le ministre de l'enseignement supérieur et de la recherche et largement discutés avec la Conférence des présidents d'université (CPU) explicitent les modalités de l'autonomie de gestion dans le cadre de la loi LRU de 2007 et de la loi du 22 juillet 2013 relative à l'enseignement supérieur et à la recherche, dite « loi Fioraso », mais ces circulaires ne sont pas toujours appliquées sur le terrain.
Il serait donc utile d'écrire dans la loi que : « Le dialogue de gestion établi à l'article L. 713-1 fait l'objet d'un contrat d'objectifs et de moyens conclu entre l'institut ou l'école et l'université et intégré au contrat de l'établissement. » Un certain nombre d'établissements vertueux, comme l'université de Strasbourg, le font systématiquement avec l'ensemble de leurs composantes, mais ce n'est pas le cas de toutes, et c'est parfois un sujet de tension entre les composantes, notamment les instituts universitaires de technologie (IUT). Cela mérite d'être inscrit dans la loi, pour éviter toute ambiguïté.