Plusieurs pays développés, notamment en Europe, ont intégré massivement à leur stratégie de lutte contre la Covid-19 plusieurs nouveaux outils et techniques de dépistage ayant fait leurs preuves : le séquençage génomique, la phylodynamie et les modélisations mathématiques.
Ainsi, le Danemark utilise le séquençage pour identifier les chaînes de transmission, les rompre le plus rapidement possible et prendre des mesures appropriées. Dans ce pays, 20 % des tests positifs font l'objet d'un séquençage contre seulement 0,15 % en France, d'après la base de données de référence Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID). Chacun connaît l'utilité du séquençage pour suivre les mutations, aussi bien neutres que donnant naissance à des variants responsables d'un changement de la dynamique de l'épidémie. La discipline relative à l'étude de la structure de l'épidémie porte le nom de phylodynamie. Elle sert par exemple à déterminer l'existence d'une épidémie par département ou à établir si le virus se propage au niveau national.
Dans un entretien avec The Conversation, Samuel Alizon, directeur de recherche au CNRS, a pointé les limites, en France, des échanges réciproques entre recherche publique et agences de santé publiques. Il indique notamment que SPF ne se livre à pratiquement aucune forme de modélisation mathématique ni de phylodynamie.
N'est-il pas urgent d'investir massivement dans ces outils et techniques particulièrement utiles ?