La loi en tant que telle ne peut pas s'appliquer à des établissements privés si un contrat ne les lie pas à l'État. Si un contrat est passé entre un établissement privé et l'État, c'est dans ce cadre qu'est décidé dans quelle mesure l'article L. 612-3 s'appliquera à l'établissement. Tel est le sens de l'amendement no 256 rectifié quand il parle de l'application de « certaines des dispositions de l'article L. 612-3 », ce qui peut aller jusqu'à l'application de l'intégralité de l'article. Le chef d'établissement pourra par exemple refuser les quotas de boursiers.
Un tel contrat peut donc transférer au chef d'établissement la compétence du recteur en matière d'inscription des étudiants.