L'article 49 quater n'accorde pas aux CTAP de compétence exclusive pour traiter de la cohérence territoriale. Il permet simplement d'intégrer la représentation des SCOT dans la CTAP, en laissant l'échelon régional s'organiser selon les souhaits des collectivités. Intégrer les SCOT dans ces conférences reste donc pertinent ; avis défavorable.