La désignation des sites implique généralement de pouvoir apprécier la suffisance du réseau pour chaque type d'habitat et chaque espèce à l'échelle biogéographique au sein du territoire national. La fonction de coordination et d'expertise sollicitée dans ce cadre dépasse l'échelon régional et encore davantage l'échelon départemental. La consultation des départements ne se justifie pas dès lors qu'ils ne détiennent pas de compétence en matière de gestion des sites, celle-ci étant décentralisée aux régions.
Le présent article prévoit, en revanche, que les régions seront consultées pour ce qui concerne la désignation des sites exclusivement terrestres. Il n'est pas utile d'alourdir davantage le processus de consultation dans la mesure où le processus de désignation des sites, en cours depuis plus de vingt ans, est proche de son terme. Enfin, les départements sont déjà associés aux comités de pilotage des sites Natura 2000. Par ce biais, ils peuvent soumettre à l'État un projet de création ou de modification d'un site Natura 2000 sans formalisme imposé. Avis défavorable.