Pour ce qui est des alternatives, le concept de subsurface présente quelques avantages en termes de protection, mais aussi une faiblesse essentielle résidant dans le fait qu'il ne garantit pas la sûreté sur une très longue durée : dans la mesure où les colis seraient stockés près de la surface, on ne peut exclure qu'ils finissent par s'y retrouver, soit du fait de phénomènes naturels – érosion, séisme, inondation –, soit en raison d'une intrusion accidentelle. Ce risque pose la question des contrôles institutionnels sur le long terme. L'objectif du stockage en couche géologique profonde est de considérer que l'enveloppe géologique va assurer cette protection sur le long terme.