Dans le prolongement des deux dispositifs précédemment évoqués, il est proposé de prévoir que les exploitants d'abattoirs signent obligatoirement un protocole sanitaire particulier sur la base d'un modèle de protocole cadre national agréé par le ministre chargé de l'agriculture et par l'ANSES. Ce protocole traiterait notamment du respect du bien-être animal – étant précisé qu'aucune information confidentielle ne devrait être publiée. Cette mesure, déjà appliquée par certains exploitants, valorise les dispositions qu'ils mettent en oeuvre, et encourage ceux qui ne le font pas encore à faire de même.