La libération du transport ferroviaire doit être accompagnée de renforcements concomitants de la régulation du secteur. Le bon fonctionnement du système de transport ferroviaire doit donc être assuré en tenant compte de considérations techniques, économiques, financières mais aussi territoriales afin de conjurer le risque d'enclavement de certains territoires. À cette fin, le Gouvernement introduit un pouvoir de modulation du prix des infrastructures permettant à l'ARAFER de prendre en compte notamment des dessertes ferroviaires pertinentes en matière d'aménagement du territoire.
Quels seront les principes et les limites qui permettront d'orienter et d'encadrer ce pouvoir de modulation ? Cette évolution annonce-t-elle la transformation de l'ARAFER en autorité non seulement en charge de l'encadrement de l'ouverture à la concurrence, mais aussi garante de l'aménagement du territoire ?