Dès lors que des conflits peuvent opposer les régions, il est important que l'autorité régulatrice joue un rôle de médiation entre les autorités organisatrices de transports. Il est ainsi proposé que l'ARAFER ait également pour mission de veiller à « l'équilibre de la desserte entre les territoires ». L'ouverture à la concurrence doit s'accompagner d'une réflexion aboutie sur la composition ainsi que sur le périmètre et la nature de la mission du régulateur.