L'article 3 habilite le Gouvernement à organiser l'ouverture à la concurrence des services conventionnés de transport ferroviaire de voyageurs, en permettant aux régions de disposer de la liberté de déterminer, sinon le mode d'attribution, du moins l'opérateur attributaire des services ferroviaires d'intérêt régional.
L'article autorise également l'exécutif à définir les conditions dans lesquelles les contrats de travail des salariés nécessaires à l'exploitation et à la continuité du service public de transport ferroviaire de voyageurs seront transférés au nouveau titulaire d'un contrat de service public, les conséquences d'un refus du salarié et les garanties attachées à ce transfert.
Ces remises en cause peuvent conduire à la fermeture d'une grande partie des lignes de desserte fine du territoire.