Il paraît judicieux de soustraire les organisations interprofessionnelles au contrôle de la Cour des comptes qui peuvent déboucher – et débouchent du reste régulièrement – sur des jugements en opportunité puisque portant sur des dispositifs d'État. Il s'agirait donc d'appliquer aux interprofessions le contrôle de conformité, de légalité de ce qu'elles sont et de ce qu'elles font, et non pas le contrôle d'une autorité d'État sur l'opportunité de leurs actions – ce qui a déjà été rappelé ici à de maintes reprises.