Ce dispositif est, en effet, trop souvent détourné par les vendeurs d'énergie. Les fraudes qui s'opèrent autour de ces certificats ne sont d'ailleurs pas le lot de la seule France puisque la plupart des autres pays européens y font face également. Or, jusqu'à présent, ni le gouvernement français ni l'Union européenne n'ont choisi d'établir une liste noire publique des entreprises fraudeuses.
L'organisme TRACFIN – traitement du renseignement et action contre les circuits financiers clandestins – , dépendant du ministère de l'économie et des finances, a réalisé de son côté un travail de mise en exergue de plusieurs facteurs facilitant la fraude. Il relève d'abord que les mécanismes d'entrée sur le marché des certificats d'économie d'énergie sont trop faibles et peu contraignants. De plus, les contrôles sont difficilement réalisables pour deux raisons précises : le manque de transmission des données relatives aux certificats d'économies d'énergie – voire leur maquillage – et le nombre insignifiant d'agents pour les mener – une douzaine au total.