Le pavillon est un autre élément. La question pourrait se poser pour les navires sous pavillon français, mais un certain nombre de compagnies battent pavillon anglais. La question s'est posée pour des questions migratoires ou de sûreté, et la préfecture maritime ne peut pas faire de contrôles de sûreté sur des navires battant pavillon anglais. C'est une partie de la difficulté, d'autant que les dossiers d'agrément des SIVEP remontent à l'Union européenne, après être passés par le ministère de l'agriculture.