Le financement de la recherche et de l'innovation au sein des établissements publics de santé est actuellement confronté à des difficultés, voire à de véritables impasses de financement. Les montants des crédits fléchés n'ont parfois pas évolué depuis des années, voire ont été ponctionnés par des gels devenus définitifs. Cela empêche toute lisibilité et sérénité pour des missions nécessitant pourtant des projections sur le moyen et long terme.
Afin d'éviter que ces crédits fléchés ne servent de variable d'ajustement de l'ONDAM, il est proposé qu'ils fassent l'objet d'un financement sanctuarisé, à travers un sous-objectif spécifique de l'ONDAM.