Les risques liés à la multiplication des stages courts, qui ne font pas l'objet d'une gratification, sont ceux d'une substitution à l'emploi, d'une réduction de l'offre de stages longs et d'une tension sur la ressource de tuteurs au sein de l'association, ce qui met en cause la dimension formatrice du stage.
En effet, certaines associations employeuses pourraient se servir de la mesure pour proposer plus de stages non gratifiés, car inférieurs à deux mois, et substituer volontairement ou non ces stages à de véritables emplois.
De plus, augmenter de manière importante le nombre de stagiaires accueillis simultanément au sein d'une même structure est de nature à poser des difficultés quant à la qualité de leur encadrement. L'encadrement de stagiaires plus nombreux par un seul tuteur en pâtira et la valeur pédagogique du stage diminuera d'autant.
Par ailleurs, proposer des stages d'une durée inférieure à deux mois est en contradiction avec la majorité des durées de stages proposés dans les cursus de l'enseignement supérieur : les étudiants tenus d'accomplir des stages supérieurs à deux mois auraient donc moins d'opportunités pour faire des stages en associations.
Enfin, le dispositif proposé ne s'adresse qu'à un nombre limité d'associations, en l'occurrence les seules associations employeuses : sur les 1,8 million d'associations françaises, seulement 8,2 % seraient concernées.