L'amendement du Gouvernement adopté au Sénat prévoit que l'ARAFER rend un avis conforme sur la séparation comptable entre les activités de transporteur et de gestionnaire d'infrastructures de la RATP, sur la rémunération de la RATP en tant que gestionnaire d'infrastructures et pour le réseau du Grand Paris, sur le plan de gestion des informations confidentielles et sur le document de référence des réseaux. Il prévoit aussi que l'ARAFER est chargée du règlement des différends entre la RATP et les opérateurs de transport du futur métro du Grand Paris Express.
L'ARAFER, en tant que régulateur, exercera la surveillance des activités qui seront mises en concurrence. Votre amendement vise à compléter le rôle de l'ARAFER et à établir des séparations comptables, y compris dans des activités en monopole. Cela reviendrait à donner à l'ARAFER une compétence dans des domaines qui relèvent des relations contractuelles entre Île-de-France Mobilités et la RATP. Avis défavorable.