Il vise à associer les fondations reconnues d'utilité publique à l'établissement public, au même titre que la ville de Paris et le culte affectataire. La Fondation de France, la Fondation du patrimoine et la Fondation Notre-Dame doivent pouvoir siéger dans l'établissement public, ce qui, concrètement, leur permettra de participer au suivi des fonds et de leur emploi, et de représenter la très large communauté des donateurs. Cette reconnaissance de leur rôle inédit dans le financement d'un grand projet public est nécessaire, notamment au regard des obligations liées au respect de l'intention des donateurs ou de l'objet des dons collectés par ces fondations, et eu égard aux contrôles de la Cour des comptes.