La Mutualité sociale agricole gère l'ensemble de la protection sociale de base des salariés et non-salariés agricoles pour les risques de maladie, maternité, invalidité, retraite, accidents du travail, maladies professionnelles, prestations familiales et minimas sociaux. Elle gère également la retraite complémentaire des exploitants agricoles.
Cinq millions six cent mille personnes sont affiliées à la MSA, dont un peu plus de 3,2 millions de personnes au titre de la protection maladie.
La branche relative aux accidents du travail et maladies professionnelles des salariés a été créée en 1973 ; celle des non-salariés agricoles a vu le jour plus récemment, en 2002.
Dans les départements d'Outre-mer (DOM), les caisses générales de sécurité sociale (CGSS) assurent l'ensemble des prestations maladie et accidents du travail des salariés relevant du régime général et des salariés relevant normalement du régime agricole, ces derniers étant intégrés au même régime.
Le législateur a confié la branche « couverture des accidents du travail et des maladies professionnelles » des non-salariés agricoles des Outre-mer aux caisses générales de sécurité sociale, les missions étant localement dévolues aux caisses départementales.
Le législateur a, en outre, confié des missions à la caisse centrale qui lui sont propres. Liées à la consolidation des comptes, elles portent sur l'encaissement des cotisations et la gestion des prestations.
La caisse centrale a également une fonction de gestion d'un fonds de réserve des rentes et d'un fonds de prévention des risques professionnels. À ce titre, elle coordonne les actions de prévention des risques professionnels dans les départements d'Outre-mer.