Le secret de l'instruction n'interdit pas la communication entre le magistrat instructeur et le plaignant, c'est-à-dire le lanceur d'alerte. Il peut très bien l'informer qu'il a dû donner son identité à telle ou telle autorité administrative pour consolider le dossier d'instruction. Il s'agit juste, pour le lanceur d'alerte, d'être tenu informé de cet aspect particulier et peut-être aussi, pour le magistrat, de s'interroger sur le bien-fondé de la levée de l'anonymat qu'il envisage.