L'article 14 prévoit que, à l'occasion des recherches menées dans le cadre d'une AMP, aucune intervention ne peut avoir pour objet de modifier le génome des gamètes ou de l'embryon. En revanche, il ne dit rien des interventions qui, à la faveur d'une autre finalité, auraient une telle modification pour effet.
Or les incertitudes qui règnent sur les conséquences de la modification du génome sont extrêmes : selon Jacques Testart, elle déséquilibrerait d'autres cellules puisque les cellules interagissent entre elles ; selon le CCNE, elle pourrait entraîner « des effets situés en dehors de la cible [… ], des embryons "mosaïque", des modifications non souhaitées de l'ADN ciblé lors de sa réparation ».
Récemment, une étude de chercheurs londoniens a rapporté avoir obtenu des résultats catastrophiques après utilisation de la technique CRISPR__ courtes répétitions en palindrome regroupées et régulièrement espacées __ pour modifier des embryons humains, alors que cette technique était présentée, il y a quelques mois encore, comme la technique d'avenir.
On ne maîtrise pas non plus les effets de la modification du génome sur la descendance de l'enfant à naître. Nul ne sait si un bienfait thérapeutique pour la personne dont on aura modifié le génome ne se transformera pas en méfait pour les générations qui suivront.
Il convient donc de préciser qu'« aucune intervention ayant pour objet ou pour effet de modifier le génome des gamètes ou de l'embryon ne peut être entreprise ».