Celui-ci fait l'objet d'un arrêté préfectoral signé par le préfet coordonnateur de chaque bassin à l'issue d'une très large concertation. Il est vrai, comme l'a rappelé Marie-Noëlle Battistel, que dans les bassins où il existe une gouvernance locale, celle-ci peut s'exprimer et peser dans le classement des cours d'eau en liste 1 ou en liste 2, ainsi que dans l'identification de certains ouvrages, mais à aucun moment les agences de l'eau ou les comités de bassin n'arrêtent de listes de cours d'eau ou de listes d'ouvrages à conserver ou à effacer.