Le directeur général de l'AFD doit être nommé par le Président de la République après avis des commissions parlementaires compétentes, sur proposition du conseil d'administration. En effet, celui-ci joue un rôle important : il délibère sur les orientations stratégiques et sur le contrat d'objectifs et de moyens conclu avec l'État, ainsi que sur les opérations et les concours financiers menés pour son compte propre, pour celui de l'État ou sur mandats donnés par des tiers ; il peut aussi déléguer une partie de ses pouvoirs au directeur général, qui lui rend compte. Pour qu'il mène efficacement ses missions, il doit contribuer à la désignation du directeur général et, le cas échéant, pouvoir mettre fin à son mandat s'il entrait en conflit avec lui.