Les priorités du rapport « Juppé-Rocard » ont été plutôt respectées pour les trois premiers PIA, qui répondaient davantage à une logique de recherche et de diffusion de l'innovation qu'à une logique sectorielle. Certains projets sectoriels n'ont d'ailleurs pas fonctionné, à l'image de l'action « véhicules du futur » orientée autour du moteur thermique. Le PIA 4 introduit une véritable nouveauté en mettant l'accent sur les secteurs d'importance stratégique du point de vue de la souveraineté économique française, cohérente avec l'assouplissement – temporaire ou durable – de la doctrine de la Commission européenne en matière d'aides d'État. Nous notons par ailleurs la création du fonds d'investissement Ace Aéro Partenaires, mis en œuvre par un organisme privé.