Pour défendre un peu le PIA, celui-ci visait précisément à éviter une trop grande dispersion des moyens publics. Sur la question de la répartition territoriale, sujet qui a d'ailleurs été intégré au PIA 4, on observe pour les trois premiers PIA une concentration géographique très forte, notamment concernant la recherche, émanant d'une volonté allant dans ce sens comme l'exprime le rapport « Juppé-Rocard ».