L'OFB a entrepris d'instaurer, l'an dernier, des délégations territoriales outre-mer : en Guyane, aux Antilles, dans l'océan Indien, ainsi que dans le Pacifique, en Nouvelle-Calédonie et en Polynésie. Certains bassins, certes pas tous, sont représentés au conseil d'administration. Il faut d'abord disposer d'équipes opérationnelles avant de lancer des programmes. Il existe un parc naturel marin à Mayotte et un autre en Martinique.