L'agence de l'eau Seine-Normandie a de même de multiples rôles – la mise en œuvre de la politique de l'eau, la connaissance du milieu la planification des outils pour la gestion de l'eau, une expertise technique, être une mutuelle pour le bassin – les ressources principales étant les redevances que tous les acteurs du bassin agissant sur la ressource en eau, en la prélevant ou la polluant, acquittent. Elles représentent pour le bassin Seine-Normandie 679 millions d'euros de redevances encaissées en 2020. Une très large part de celles-ci est acquittée par les consommateurs, sur leur facture d'eau, sans oublier les acteurs économiques comme les agriculteurs ou les industriels. Tous ces acteurs se retrouvent au sein du comité de bassin qui définit les grandes orientations de la politique de l'eau. Ces orientations sont donc issues de la concertation entre les acteurs, dans une recherche d'équilibre entre les différents intérêts et visions au sein du bassin. S'y regroupent 40 % de parlementaires et de représentants des collectivités territoriales, 20 % représentants de service de l'état et d'établissement public, 20 % d'usagers économiques et 20 % d'usagers non économiques comme les associations de protection de la nature ainsi que différentes personnalités qualifiées. Cette gouvernance est originale et se décline dans les sous-bassins. Elle est destinée à la gestion d'un bien commun en construisant une stratégie partagée et en mettant en commun les efforts toujours sur la base de concertation des acteurs. Les différents intérêts représentés doivent s'entendre avec pour guide l'intérêt général.
Les grandes orientations produites par cette gouvernance sont notamment le schéma directeur d'aménagement et des gestions des eaux, s'appuyant sur un état des lieux des différents cours d'eau et nappes du bassin. Il fixe en outre des objectifs environnementaux à atteindre et un programme de mesures associées permettant de faire progresser l'état des eaux du bassin.
Le comité de bassin adapte un volet financier propre à l'agence, les programmes d'intervention. À travers ce programme, l'agence verse des aides sous forme de subventions ou d'avances remboursables pour des études, des travaux, etc. Dans nombre de domaines, les collectivités sont les porteurs de projet, notamment les intercommunalités qui disposent de la compétence en matière d'eau, d'assainissement et de gestion des milieux aquatiques et de prévention des inondations. Pour le bassin Seine-Normandie, les aides représentent 423 millions d'euros en 2020 pour des projets allant de la protection des captages et de l'alimentation en eau potable aux stations d'épuration et aux réseaux d'assainissement. D'autres opérations sont portées par d'autres maîtres d'ouvrage, notamment des acteurs privés, par exemple les actions d'accompagnement de l'agriculture vers des systèmes d'exploitation favorables à la ressource en eau. Ces aides représentent 138 millions d'euros en 2020.
Des priorités ont été fixées en fonction du schéma directeur et de la pertinence environnementale des projets financés. L'agence de l'eau a besoin d'être efficace et de se fixer des priorités, car ses moyens humains et financiers sont limités et encadrés. La priorité n° 1 est d'atteindre le bon état écologique des eaux en mettant l'accent sur les actions préventives et en tenant compte du contexte de changement climatique. Les interventions de l'agence sont en évolution avec un élargissement vers le grand cycle de l'eau, la biodiversité, etc. Nous développons en outre notre politique contractuelle afin de motiver les maîtres d'ouvrages et de planifier sur la durée les projets paraissant les plus pertinents. Une autre priorité est par exemple ressortie des assises de l'eau de 2018, pour le 11ème programme d'interventions : aider les collectivités à faire face au mur d'investissements auquel certains sont confrontés, et faire jouer la solidarité entre les zones urbaines et rurales.