Le projet débattu a des conséquences majeures sur la biodiversité marine. En effet, l'eau transférée de l'est vers l'ouest, utilisée pour l'irrigation, se retrouve assez rapidement dans le lagon. Or le développement de l'agriculture cannière, qui s'appuie sur des intrants agricoles, emporte une eutrophisation du lagon et nuit à la biodiversité.
Au plan écologique de fait, le projet a été catastrophique. Il pose d'autant plus de problèmes que l'eau, en plus d'être utilisée par les agricultures, l'est également pour remplir des piscines ou arroser des pelouses, ce qui crée des pollutions quasiment irréversibles pour le lagon et le récif corallien.