La loi n° 2016-1087 du 8 août 2016 pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages – que je connais bien – a élargi les missions des agences de l'eau. Elle précise que chaque agence de l'eau peut contribuer à la connaissance, à la protection et à la préservation de la biodiversité terrestre et marine ainsi que du milieu marin.
Les évolutions apportées ont fait l'objet de longs débats. La loi substitue au principe « l'eau paie l'eau » celui selon lequel « l'eau, la biodiversité et les milieux marins paient l'eau, la biodiversité et les milieux marins ». En application de cette évolution, à compter de 2018, les agences de l'eau apportent une contribution annuelle à l'OFB, et l'OFB apporte une contribution annuelle aux parcs nationaux.
Pour compléter ce dispositif, la diversification des redevances des agences de l'eau est nécessaire pour s'appuyer également sur les atteintes à la biodiversité. Outre la redevance pour pollutions diffuses, qui porte sur des produits ayant un impact sur la biodiversité, le recouvrement de la redevance cynégétique par les agences de l'eau à compter de 2020 vient renforcer cette diversification, qui doit se poursuivre.