Les problèmes surviennent régulièrement dans les zones qui pâtissent d'une connaissance patrimoniale quasi inexistante du réseau, par ailleurs vétuste.
En matière de réglementation, il convient de distinguer les limites de qualité, qui concernent la présence de deux types de bactéries à l'incidence directe sur la santé, escherichia coli et les entérocoques, des références de qualité. Celles-ci portent sur la concentration des coliformes, des germes totaux et des bactéries sulfito-réductrices, dont la présence dans l'eau ne constitue pas un critère de non potabilité.
Les analyses, dans les zones à problèmes, peuvent contrevenir aussi bien aux limites de qualité qu'aux seuils de références de qualité. L'ingestion d'eau n'est toutefois pas mortelle. Dès lors qu'un taux minimal de chlore y est ajouté, elle comporte en réalité très peu de bactéries. Certains réseaux de distribution, notamment en Grande-Terre, ne font l'objet d'aucune alerte bactériologique.