La question de la saisine du juge d'instruction est simple sur le plan théorique, mais elle est compliquée sur le plan pratique. Sur le plan théorique, le juge d'instruction ne peut pas s'autosaisir. Il ne peut instruire que sur les faits dont il est saisi. Le juge d'instruction est saisi des faits. Il n'est pas lié par la qualification donnée aux faits par l'auteur de la poursuite. En effet, le juge d'instruction peut qualifier en théorie les faits autrement que ce qui est indiqué sur l'acte de saisine, sur le réquisitoire introductif. Cependant, il ne peut pas mettre en examen pour des faits distincts. Un juge d'instruction saisi par exemple des faits d'homicide volontaire, qui se rapporte à des pièces pourrait théoriquement mettre en examen pour un meurtre avec une circonstance aggravante. En pratique, beaucoup de juges d'instruction travaillent autrement. De peur que leurs actes d'instruction soient annulés par la suite, au reproche de s'être autosaisis, ils préfèrent s'entourer de davantage de précautions et avoir un réquisitoire supplétif du procureur qui vise expressément la circonstance aggravante.