Les rapports de force avec le ministère de l'intérieur et la gendarmerie dans la conduite des enquêtes ou sur la priorité à donner à telle enquête plutôt qu'à une autre font partie du quotidien. Il peut arriver qu'un juge d'instruction rencontre des difficultés dans la gestion de son propre cabinet et que des affaires ne progressent pas, parce que les commissions rogatoires ne « rentrent pas », comme on dit dans le jargon. Les services de gendarmerie ou de police lui répondent en général qu'ils sont saturés ou en manque d'effectifs. Cela étant, si un juge d'instruction est en charge d'une affaire particulièrement sensible et s'il demande aux services de gendarmerie ou de police de traiter prioritairement une commission rogatoire, il sera généralement entendu. Mais il est vrai qu'à grande échelle, c'est effectivement un enjeu, où se joue un rapport de forces.