Pour certains, l'indépendance est simplement la possibilité pour le juge de pouvoir statuer sans subir de pression, sans considération pour les aspects budgétaires. Cependant, l'affectation des moyens et la notion d'indépendance vont de pair. Un minimum d'autonomie fonctionnelle est requis pour que l'institution judiciaire fonctionne.
Un groupe animé par le professeur Bouvier a travaillé sur cette question : « Quelle indépendance financière pour l'autorité judiciaire ? » à la demande du premier président de la Cour de cassation. Deux réformes seraient intéressantes. Il faudrait renforcer la participation de l'autorité judiciaire dans la prise de décision financière. La Conférence a proposé que le CSM soit consulté préalablement à l'élaboration du budget et que l'on puisse identifier une mission « justice judiciaire » au sein du budget du ministère. Les moyens attribués au judiciaire manquent de lisibilité, et la part la plus importante de l'évolution du budget de la justice porte sur l'administration pénitentiaire. Les modalités du dialogue de gestion entre ministère et juridictions devraient également être revues.
Il faudrait renforcer l'autonomie de gestion des juridictions. Le système complexe des BOP et des UO n'empêche pas que le ministère de la justice ait la main sur les marges. Ainsi, par exemple, l'attribution des ressources nécessaires à l'emploi de juristes assistants dépend du ministère. Le système judiciaire est donc complexe et jacobin. La décentralisation au bénéfice des collectivités territoriales a provoqué la centralisation de l'administration de la justice au niveau du ministère – phénomène renforcé par la loi organique relative aux lois de finances (LOLF).
La Conférence propose d'harmoniser l'architecture budgétaire avec l'architecture juridictionnelle. Nous suggérons de revoir la cartographie budgétaire de la justice en constituant de grandes régions judiciaires qui disposeraient de pouvoirs budgétaires élargis. Cela nous semble d'autant plus nécessaire qu'il s'est développée une organisation territoriale dépendant du secrétariat général de la justice constituée des plateformes régionales qui regroupent l'autorité judiciaire, l'administration pénitentiaire et la protection judiciaire de la jeunesse. Mais les problèmes de fonctionnement du judiciaire et ceux de l'administration pénitentiaire ne sont pas les mêmes. Le maintien de l'éclatement de la gestion budgétaire fragilise l'autonomie accordée à l'autorité judiciaire.