L'indépendance de la CIVI, mentionnée aux articles 706-3 et suivants du code de procédure pénale, vient directement heurter l'autorité de la chose jugée et, indirectement, l'indépendance des premiers juges qui ont eu à connaître de l'affaire et qui ont statué sur l'indemnisation. En effet, la CIVI peut, de sa propre appréciation, revoir à la hausse ou à la baisse le montant, mais également faire ressortir une faute de la victime qui réduirait son indemnisation.