Les droits de la défense ont certes beaucoup progressé au rythme des réformes du code de procédure pénale mais l'égalité des armes entre le parquet et la défense n'est toujours pas acquise et de grands progrès restent à accomplir. Cela affecte, bien sûr, l'indépendance de la justice, compte tenu aussi des liens institutionnels entre le siège et le parquet, puisqu'un parquetier peut devenir juge du siège quelques mois après avoir été parquetier, ou l'inverse.
L'indépendance dans les tribunaux de commerce est sans doute moindre que dans les tribunaux judiciaires, mais les situations varient. Il n'y a pas trop de problèmes à Paris ; dans les petites villes, beaucoup de tribunaux de commerce ont été supprimés faute d'affaires en nombre suffisant mais là où il y en a toujours, effectivement, tout le monde se connaît. Toutefois, le procureur de la République du tribunal judiciaire du ressort a une place réservée aux audiences – mais il est vrai qu'il ne l'occupe pas tout le temps.
En 1982, M. Robert Badinter, alors garde des Sceaux, a proposé l'échevinage des tribunaux de commerce. En dépit de son aura, il s'y est cassé les reins, provoquant une fureur générale, la démission d'un président du tribunal de commerce de Paris et le constat que la réforme, pour intéressante qu'elle soit, obérerait définitivement le budget de la justice ; le projet a été enterré. C'est un serpent de mer. Les obstacles principaux, me semble-t-il, sont qu'il y faudrait un sérieux renforcement des moyens du ministère de la justice et un changement d'état d'esprit. Il y a eu des problèmes difficiles dans certains tribunaux de commerce ; là où il y en avait le plus, les tribunaux ont été supprimés. On note aussi que le nombre d'appels n'est pas très élevé et que, lorsqu'il y en a, les décisions prises confirment souvent celles des juridictions consulaires. Aux conseils de prud'hommes, où la question qui se pose est moins celle de l'éventuelle compromission financière que celle de l'orientation syndicale, les appels sont très fréquents. On pourrait penser écheviner, mais ce serait revenir sur un acquis. Pourtant, en Alsace-Moselle, c'est un tribunal judiciaire écheviné qui juge les affaires commerciales, et un tribunal du travail pour les affaires sociales.