Il existe deux types de contrôle sur les CADA : dans le cadre du dialogue de gestion, qui est régulier, à partir de l'examen du budget, sont abordés aussi les effectifs, la prestation de services, le projet établissement. Des inspections peuvent également avoir lieu de manière aléatoire, sur un thème précis, ou sur certains CADA, des inspections plus générales. Elles n'ont pas lieu à une fréquence annuelle.
Concernant le marché du programme d'accueil et d'hébergement des demandeurs d'asile (PRAHDA), il s'agissait du premier marché public pour une prestation de ce type. En plus du cahier des charges, un contrôle du service a été effectué au moment de la facturation, tant sur les dispositifs d'asile que sur ceux de l'accueil inconditionnel.