L'APIJ ne fixe pas la taille des établissements évoqués. Celle-ci est fonction des besoins de l'activité judiciaire : en règle générale, elle représente de 400 à 600 places. Il n'en demeure pas moins que certains établissements peuvent être de plus grande taille, notamment en Ile-de-France. En Seine-Saint-Denis ainsi, l'extension du site de Villepinte aboutira à un établissement de 1 300 à 1 400 places.
La question de la taille humaine des établissements ne se résume pas à l'architecture des sites. Elle est également travaillée à travers la conception des quartiers de détention. Un quartier de confiance, avec une circulation plus libre des détenus, et un quartier sécurisé n'appellent pas la même réponse architecturale. Dorénavant, l'APIJ produit des centres de détention moins concentrationnaires que par le passé. Certes, la sécurité doit continuer à primer ; on essaie toutefois de l'intégrer de manière différente selon les profils. À titre d'exemple, les quartiers réservés aux femmes ne sont pas conçus de la même manière que ceux dédiés aux hommes, car elles ne provoquent pas les mêmes dégradations que ces derniers. Les quartiers réservés aux mineurs sont également conçus différemment.
Enfin, l'APIJ rencontre des résistances. Cela étant, chaque grand projet, quel qu'il soit, y est confronté. En effet, tous les maîtres d'ouvrage font face à un dialogue difficile avec les riverains, les associations et les élus. À l'évidence, les projets pénitentiaires se heurtent à des résistances encore plus fortes que les projets plus traditionnels : il convient donc de faire acte de conviction. Lors des recherches foncières, les préfets essaient d'ouvrir un dialogue local. Il convient également : de produire un cahier des charges trouvant le bon compromis entre le besoin et la typologie du terrain ; d'engager un dialogue fort avec les élus du territoire, par l'intermédiaire des préfets.
Il est ainsi primordial de démystifier les risques liés aux prisons. In fine, la puissance publique peut mobiliser un certain nombre d'outils, au nom de l'intérêt général.