Des dépistages systématiques ont été envisagés. Le dépistage du VIH est toujours proposé à l'entrée de détention et est préconisé en sortie, mais il est compliqué à mettre en œuvre. Lorsqu'il est réalisé, il est difficile de prouver que la contamination a eu lieu en détention en raison du délai entre le contact avec le virus et le moment où il devient dépistable. Des études internationales montrent la réalité des contaminations en prison. En Espagne, un programme d'échange de seringues systématisé en détention a permis d'agir dans les prisons sur les incidences d'hépatite C en diminuant les risques de contamination grâce à la mise à disposition du matériel d'injection.