La GEMAPI consiste à transférer aux collectivités territoriales un certain nombre de missions concernant la gestion de l'eau.
Par organisation, la direction de l'eau et de la biodiversité est constituée d'acteurs territoriaux en lien les uns avec les autres, comme les agences de l'eau et les collectivités territoriales. La gouvernance de l'eau implique tous les acteurs et les collectivités. La GEMAPI s'effectue en interface avec les services locaux, les agences de l'eau, l'OFB et la direction de la biodiversité. Il s'agit d'une force de frappe qui est très entrelacée.