La CnDAPse, installée en 2017, a été créée par la loi Blandin du 16 avril 2013 relative à l'indépendance de l'expertise en matière de santé et d'environnement et à la protection des lanceurs d'alerte. Aux termes de cette loi, la CnDAPse est chargée de veiller aux règles déontologiques s'appliquant à l'expertise scientifique et technique ainsi qu'aux procédures d'enregistrement des alertes en matière de santé publique et d'environnement.
Elle émet des recommandations générales sur les principes déontologiques propres à l'expertise scientifique et technique dans les domaines de la santé, ainsi que de l'environnement, puis procède à leur diffusion. Elle est consultée sur les codes de déontologie mis en place dans les établissements et organismes ayant une activité d'expertise ou de recherche dans le domaine de la santé ou de l'environnement.
Elle identifie les bonnes pratiques et émet des recommandations à propos des dispositifs de dialogue entre les organismes de recherche et la société civile sur les procédures d'expertise scientifique et les règles de déontologie qui s'y rapportent.
Enfin, elle établit un rapport annuel qui évalue les suites données à ses recommandations, aux alertes dont elle a été saisie, ainsi qu'à la mise en œuvre des procédures d'enregistrement des alertes dans les établissements et organismes ayant une activité d'expertise ou de recherche dans le domaine de la santé ou de l'environnement.