Intervention de Thierry Caquet

Le domaine de la santé environnementale est un vaste domaine dont je n'ai pas la prétention de faire le tour en dix minutes.

L'INRAE est né récemment. La fusion de l'INRA et de l'IRSTEA est effective depuis le 1er janvier 2020. C'est un institut jeune, mais riche de l'ancienneté de ses deux « composantes parentales ».

Nous sommes un organisme public de recherche finalisée et nous avons l'ambition de servir l'intérêt général, en nous appuyant sur la génération de nouvelles connaissances scientifiques académiques, mais aussi sur des recherches appliquées qui appellent l'attention de certains secteurs de la société et de certains de nos concitoyens.

Nous avons le souci de l'impact de nos recherches, et cela de différentes façons. En ce qui concerne l'impact scientifique, nous collaborons avec les meilleures équipes des domaines qui nous intéressent, au niveau national et international, ainsi qu'avec des partenaires publics, des partenaires socio-économiques et, de plus en plus, des citoyens. La société a une très forte attente et, en miroir, nos chercheurs souhaitent travailler davantage avec elle sur certains sujets. C'est la science ouverte ou la science citoyenne. Nous accompagnons ce mouvement de fond. Nous sommes aussi toujours soucieux d'innovation, de transfert de nos connaissances vers les utilisateurs.

Notre établissement couvre un champ très large de disciplines scientifiques : les sciences de la biologie, dont l'agronomie qui est l'élément fondateur de l'INRA/IRSTEA, mais aussi les sciences de la Terre, les sciences de l'ingénieur, les mathématiques, les sciences de la santé. Nous avons aussi des compétences très fortes, souvent méconnues, en sciences humaines et sociales. Pour les sujets de santé-environnement, nous ne pouvons pas concevoir des approches uniquement de manière académique, comme en sciences de la vie ou de la Terre, des approches déconnectées des sciences humaines et sociales. Nous portons assez haut cette ambition de l'interdisciplinarité.

L'un des atouts de l'INRAE tient au fait que nous nous appuyons sur des infrastructures de recherche, qu'il s'agisse d'unités expérimentales de type agronomique ou de plateformes analytiques de très haut niveau pour analyser soit des composés chimiques dans l'environnement soit des composés biologiques dans des tissus humains, animaux ou végétaux. Nous contribuons ainsi au développement de ce qui est appelé la biologie à haut débit, qu'il s'agisse de génomique, de protéomique ou de mesures métaboliques. Ce sont des outils très puissants pour les applications en santé-environnement.

Nous menons nos recherches en métropole, mais aussi en outre-mer. Nous avons une implantation forte en Antilles-Guyane où se posent des questions spécifiques en santé-environnement. Certaines sont liées à la santé au sens classique – parasitoses, maladies émergentes – et d'autres à la présence de contaminants persistants, en particulier la chlordécone. Il s'agit d'un important sujet dans le domaine de la santé environnementale, dans lequel l'INRAE est impliqué en ce qui concerne les suites de cette contamination aux Antilles.

Nous travaillons, au niveau européen, avec de nombreux partenaires et nous sommes très mobilisés sur les questions dites Ecohealth, One Health ou santé globale. Ces notions, si elles sont malheureusement mises à l'agenda à cause de la crise covid, ne sont pas des préoccupations nouvelles pour un organisme comme l'INRAE. Le lien étroit entre la santé animale, qu'il s'agisse des animaux domestiques ou des animaux sauvages, et la santé humaine fait depuis longtemps partie de nos priorités de recherche.

Lors de la fusion entre l'INRA et l'IRSTEA, nous avons beaucoup travaillé sur les complémentarités entre les établissements. Nous sommes convaincus que, dans le domaine général des risques – risques pour la santé ou risques environnementaux –, l'INRAE constitue un organisme beaucoup plus performant et beaucoup plus visible, au niveau international, notamment sur la question des risques en santé-environnement.

Nous avons toujours travaillé, notamment à l'INRA qui est le plus gros des deux partenaires, sur les épidémies de maladies émergentes, parmi les animaux d'élevage ou en lien les populations humaines exposées.

Nous travaillons sur les problématiques de la résistance aux produits antimicrobiens, par exemple pour savoir comment réduire l'utilisation des antibiotiques dans les élevages ou comment s'en passer complètement, lorsque c'est possible.

Nous nous préoccupons de plus en plus de l'utilisation des substances chimiques pour la protection des cultures en plein champ, mais aussi pour la protection des denrées après la récolte. Nous nous préoccupons aussi de tous les rejets involontaires dans l'environnement, de la contamination de l'eau, de l'air, des sols par ces substances.

Nous travaillons également sur les contaminants naturels des produits alimentaires, notamment les mycotoxines. Ce sont des toxines produites par des champignons qui se développent entre autres sur les céréales. Elles peuvent contaminer la chaîne alimentaire et avoir des impacts très forts sur les consommateurs.

Enfin, de plus en plus, nous nous préoccupons des régimes alimentaires, à la fois en ce qui concerne la constitution de ces régimes, notamment leur contenu en additifs, mais aussi en ce qui concerne la façon dont ils influent sur l'environnement. C'est un point auquel même la recherche et les politiques publiques pensent rarement. Nos régimes alimentaires peuvent avoir une influence, notamment, par exemple, sur les rejets de gaz à effet de serre dans l'atmosphère, selon la demande en protéines animales. Cela peut agir sur le réchauffement climatique et, plus généralement, sur la dégradation de l'environnement.

Nos recherches témoignent d'une vision aussi globale que possible de la santé. Nous ne concevons pas de travailler sur la santé humaine sans considérer également la santé végétale, la santé animale et ce que nous appellerons la santé de l'environnement, même s'il existe des divergences d'opinion sur ce qu'est un environnement en bonne santé. Nous sommes persuadés qu'il est impossible d'avancer sur la santé humaine sans avancer sur les autres formes de santé. Nous plaçons ces problèmes assez haut dans notre agenda et notre stratégie de recherche.

Nous essayons de promouvoir des changements des modes de production et de transformation des aliments, en production agricole animale ou végétale. Nous essayons, autant que faire se peut, de sortir de la dépendance aux produits phytosanitaires pour la protection des cultures. C'est la démarche de l'agroécologie que nous avons promue depuis plus de dix ans. Nous essayons d'avancer encore, non seulement en prouvant les concepts, mais aussi en étendant le champ d'application des démarches agroécologiques. Il s'agit de sortir de la dépendance aux intrants, même s'il ne s'agit pas forcément de « zéro pesticide ». Nous essayons également de promouvoir de nouveaux modes de transformation des produits, en particulier face à la crainte, qui monte très légitimement, des impacts sur la santé humaine de la consommation d'aliments ultra-transformés.

Nous travaillons sur la façon dont les consommateurs font évoluer leur régime alimentaire et leurs attentes. En effet, l'ensemble se tient, puisque nous ne produisons que ce qui est transformé, ce qui est consommé. Nous intégrons tout cela dans un système dit « agri-alimentaire », allant de la production jusqu'à la consommation en passant par la transformation de l'aliment.

Pour mettre ces études en pratique, au niveau social, nous devons nous appuyer sur des politiques publiques ou éclairer des politiques publiques qui intègrent les évolutions de la connaissance et des contraintes imposées soit aux actes de production soit aux actes de consommation.

En avant-première, j'évoquerai devant vous nos grands objectifs stratégiques pour les dix prochaines années. Le document d'orientation stratégique 2020-2030 que nous préparons actuellement sera la base du contrat d'objectifs et de performance que l'établissement négociera en 2021 avec l'État. Nous avons actuellement trois priorités scientifiques thématiques.

La première est une priorité transversale, liée à l'organisation en termes d'infrastructures. Il s'agit de renforcer notre capacité à travailler sur l'émergence ou la réémergence de maladies transmissibles. La crise covid n'est pas la seule raison qui nous pousse dans cette direction. Depuis plus de quarante ans, nous savons qu'augmente de façon continue le nombre de maladies émergentes chez l'homme, liées à des transferts de pathogènes depuis la faune sauvage ou domestique. Actuellement, 60 à 70 % des nouvelles maladies émergentes ou réémergentes chez l'homme proviennent du monde animal, au sens large des animaux sauvages ou d'élevage. Même si l'opinion publique en entend moins parler, nous voyons aussi une forte augmentation du nombre de pathogènes dans le monde végétal, sous l'influence du changement climatique, mais aussi des pratiques de transfert de matériel vivant, notamment de plantes, entre différentes parties du globe. Nous voyons ainsi arriver des infestations sur notre territoire : par exemple, l'année dernière, le virus de la tomate a contaminé certaines régions françaises, à partir de plants en provenance des Pays-Bas.

Face à l'augmentation de cette pression, nous essayons, en tant qu'organisme de recherche, de mieux connaître les systèmes, appelés « pathosystèmes », constitués d'un hôte, d'un pathogène, de ses vecteurs et de l'environnement.

Comment revenir ensuite à des pratiques prophylactiques ? Quoi que nous fassions, la meilleure façon de ne pas avoir de problème avec un pathogène est de ne pas y être exposé. La prophylaxie est donc un élément-clé de notre stratégie. Nous proposons, mais c'est plus ambitieux, de contribuer à un réseau, peut-être mondial, de surveillance des émergences et des contaminations, qui permettrait d'anticiper nombre de phénomènes de santé.

Il est pour nous très important de travailler sur les retours d'expériences : tous les organismes, tous les États sont « sur la même longueur d'onde ». Il ne s'agit pas de redécouvrir à chaque crise sanitaire les phénomènes qui se produisent et comment agir. Les retours d'expérience contiennent une grande part de gestion et d'évaluation des risques. C'est extrêmement important dans le cas des crises sanitaires.

Notre deuxième grand axe consiste à intégrer encore davantage le concept d'exposome dans nos recherches. L'exposome est cité dans l'introduction du plan national santé environnement (PNSE3), mais il est difficile de voir comment ce concept est ensuite « mis en musique ». Le terme exposome figure aussi dans la loi sur la modernisation du système de santé de 2016. Rien ne dit comment faire, concrètement, pour travailler sur l'exposome et le caractériser. Nous pensons pourtant que le fait de connaître l'ensemble des expositions chimiques, tous les stress environnementaux et toutes les caractéristiques psychosociales est extrêmement important pour comprendre le déclenchement de certaines maladies.

C'est l'hypothèse de Barker qui énonce que, dès la conception, l'embryon puis le fœtus sont imprégnés par des signaux de l'environnement – signaux chimiques, hormonaux… – qui induiront potentiellement le développement de pathologies à moyen ou à long terme. Certaines pathologies dont nous constatons actuellement l'augmentation, telles que le diabète, pourraient être dues à des expositions très précoces au cours du développement, même si le lien de causalité est difficile à établir. C'est la raison pour laquelle nous avons besoin de données sur l'exposome.

C'est le cas pour certaines substances de type perturbateurs endocriniens – thalidomide, distilbène – mais nous pouvons penser que d'autres contaminants imprègnent l'embryon et peuvent être à l'origine de dysfonctionnements après développement.

Notre objectif est de travailler sur cette notion d'exposome en étudiant en même temps comment les contaminants se répartissent dans l'environnement, quelles en sont les sources, en quantifiant l'exposition. Á l'INRAE, avec d'autres, nous travaillons donc sur la modélisation du devenir des contaminants de l'environnement, sur la mesure de l'exposome et sur la façon de passer de la connaissance de cette exposition et des premières réactions de l'organisme à des effets sur la santé.

Nous travaillons sur des cohortes, en particulier avec nos collègues de l'institut national de la santé et de la recherche médicale (INSERM). Ce sont des séries de grande ampleur de plusieurs milliers ou plusieurs dizaines de milliers d'individus, comme la cohorte NutriNet-Santé. Nous les utilisons pour interpréter les liens entre l'exposition, éventuellement le régime alimentaire, et les manifestations de pathologies chez l'humain.

Le troisième axe concerne la nutrition. L'INRAE s'intéresse à l'agriculture, l'alimentation, la bioéconomie et l'environnement. Nous souhaitons étudier quelle nutrition est favorable à la fois à la santé publique et à la santé de l'environnement. L'INRA puis l'INRAE se sont toujours définis comme des organismes qui s'intéressent à l'alimentation de la personne saine.

Nous sommes tous différents en ce qui concerne l'alimentation et la santé. Nous avons deux cibles principales de recherche : les seniors et les juniors, plus précisément les enfants en bas âge. Nous étudions en quoi l'exposition périnatale à certains contaminants peut avoir des effets sur le développement des enfants. Nous étudions aussi quelle est l'alimentation adaptée aux personnes âgées, notamment en tenant compte des problèmes de dénutrition fréquents à ces âges.

Nous essayons de comprendre comment articuler choix alimentaires, évolution des filières de production, de transformation, de commercialisation et comment repenser le système alimentaire sur la base d'arguments de nutrition. Nous entendons beaucoup parler de malnutrition, de sous-nutrition dans certains pays du monde, y compris chez nos compatriotes. Une bonne partie de la population est malnutrie ou dénutrie, avec des carences en fer, en zinc, en vitamines parce que les régimes ne sont pas suffisamment équilibrés.

Nous travaillons aussi sur de grands thèmes de recherche fondamentale, en particulier sur les microbiotes, c'est-à-dire le rôle des microbes que nous hébergeons tous sur notre peau, dans notre tube digestif avec le fameux deuxième cerveau situé dans l'intestin. Un être vivant contient finalement plus de cellules microbiennes que de cellules qui lui appartiennent en propre. Cette communauté microbienne qui interagit avec nous – et c'est le même phénomène chez les plantes et les animaux – joue un rôle fondamental dans le bon fonctionnement de l'organisme et dans sa réponse à un certain nombre de stress environnementaux, qu'il s'agisse de contaminants, de carences en nutriments, d'une température trop élevée… Notre microbiote interagit avec l'organisme et l'un des enjeux majeurs est de comprendre comment s'organisent les microbiotes des macro-organismes pour collaborer avec l'organisme.

Parfois, la collaboration se passe mal ; nous parlons alors de dysbiose. Nous pensons que l'augmentation des maladies chroniques inflammatoires de l'intestin telles que la maladie de Crohn sont, pour partie, dues à des dysfonctionnements du microbiote intestinal. Les travaux de l'INRA/INRAE ont contribué à avancer dans ce domaine et ces microbiotes sont pour nous un objet-frontière qui a d'énormes applications potentielles en santé, en protection des cultures et même en biochimie industrielle.

Enfin, les cohortes de santé peuvent être des cohortes de professionnels exposés à des substances comme c'est le cas d'Agrican, une cohorte d'agriculteurs qui manipulent notamment des produits phytosanitaires. L'INRA a beaucoup contribué et contribue encore à la cohorte NutriNet-Santé : les « nutrinautes », inscrits sur la base du volontariat, renseignent en ligne leur régime alimentaire, envoient des échantillons de prélèvements de sang, d'urine qui sont bancarisés et renseignent leur parcours de santé. Cette cohorte comporte actuellement 165 000 personnes environ. Depuis plusieurs années, elles renseignent en ligne ce qu'elles mangent, non au jour le jour, mais en indiquant les grandes tendances de leur régime alimentaire. Elles indiquent leur parcours de santé et peuvent, si elles sont volontaires, envoyer des échantillons à la biobanque. Nous avons actuellement environ 20 000 échantillons et, si nous voyons apparaître un signal de santé dans cette cohorte, nous pourrons réanalyser ces échantillons.

Pour ces analyses, il nous faut des instruments analytiques performants qui permettent, à partir de très petits échantillons, parfois conservés pendant de nombreuses années, de faire des analyses très précises pour identifier des polluants ou des traces de micro-organismes qui auraient pu être en contact avec l'humain, le végétal ou l'animal concerné. L'INRAE contribue, avec des collègues notamment de l'INSERM et du centre national de la recherche scientifique (CNRS), à ces projets de plateformes analytiques hautes performances pour l'étude des problématiques de santé-environnement.