La situation n'est pas aussi contrastée. Si 90 % des masses d'eau ne sont pas en bon état écologique, elles ne sont pas pour autant polluées. La situation de notre région est très complexe car elle subit de nombreuses problématiques très diverses, contrairement à la Bretagne où le sujet majeur est la pollution au nitrate.
Les masses d'eau des Pays de la Loire connaissent entre autres des problèmes quantitatifs, car nous n'avons pas de nappe phréatique de grand volume, et nous avons donc souvent des problèmes d'étiage. Dès qu'un cours d'eau n'a plus un débit suffisant, il s'asphyxie et la vie aquatique disparaît. De fait, nous menons beaucoup d'actions pour réduire les prélèvements dans ces cours d'eau.
En outre, de nombreux cours d'eau ont subi une modification par l'homme, que ce soit une modification de leur lit pour les canaliser, l'installation d'un seuil ou d'un barrage. Par conséquent, l'eau s'eutrophise faute de vie.
Enfin, nous observons aussi l'impact de la pollution aux pesticides et au nitrate. Pour toutes ces raisons, l'état de nos masses d'eau est une problématique majeure dans notre région.