Quand on produit du méthane, il peut y avoir des fuites sur le méthaniseur, et la présence d'hydrogène sulfuré dévore l'inox. Un méthaniseur s'use très vite. S'il y a 1 % de fuite dans un méthaniseur, cela équivaut à 25 % du dioxyde de carbone qui aurait été produit. À 4 % de fuite, vous perdez tout le bénéfice environnemental du méthaniseur. D'autre part, l'apport, notamment au niveau des digestats, d'un grand nombre de bactéries méthanogènes va peut-être contaminer les sols avec des bactéries qui vont produire encore plus de méthane qui augmentera dans l'atmosphère. Enfin, des véhicules qui circuleraient au biogaz, vont produire du méthane en le brûlant.