Le Conseil national de la protection de la nature (CNPN), qui dépend du ministère de l'écologie, a rendu sur le projet de Noirmoutier un avis tout à fait défavorable, qui témoigne des impacts négatifs du projet sur l'environnement et la biodiversité.
Quand on installe une éolienne, on ne voit de l'extérieur qu'un mât qui sort de l'eau. Pour chaque éolienne, c'est quatre forages pour installer des pieux, c'est 38 tonnes de béton par pieu et ce sont des embranchements pour laisser passer les câbles électriques qui vont raccorder la centrale à la terre. L'impact sur l'écosystème est considérable et c'est pourquoi le CNPN a émis un avis défavorable.