Le soutien au bois énergie n'est pas contradictoire avec la stratégie française de lutte contre le réchauffement climatique. Une forêt à l'équilibre est en effet neutre sur le plan du carbone, qu'elle rejette par décomposition du bois mort autant qu'elle en capte par la croissance de sa biomasse. Une forêt en expansion pourra donc à terme stocker davantage de carbone.
La programmation pluriannuelle de l'énergie (PPE), y compris dans sa version révisée de 2019, met ainsi largement l'accent sur le bois énergie. Mais cette stratégie n'est valide qu'à condition que la forêt se renouvelle correctement. Or, il existe de nombreuses incertitudes à long terme en la matière. La durée nécessaire pour résorber la dette carbone temporaire dépend de nombreux facteurs et son calcul ne fait pas consensus.
De même, les installations énergétiques doivent être performantes pour un rendement efficace et leur taille doit être adaptée aux ressources et aux besoins locaux. Des installations surdimensionnées exigent en effet des importations de bois qui peuvent être issus d'exploitations non durables et détériorent le bilan carbone lors de leur transport.
Les exonérations partielles de droits de succession et d'imposition sur la fortune immobilière, dont le coût s'élevait à 84 millions d'euros en 2018, avaient initialement pour but d'éviter les coupes excessives et de garantir une gestion durable de la forêt. Néanmoins, certaines conditions prévalant à leur création ont évolué.