En septembre 2015, après de nombreuses alertes, la France a été condamnée par la Cour de justice de l'Union européenne pour non-respect de la directive sur les nitrates. Près de 70 % des nitrates proviennent de l'épandage des lisiers et de l'utilisation massive d'engrais azotés par les agriculteurs. Plus récemment, d'autres pays de l'Union européenne ont également été condamnés.
La situation de la pollution par les phosphates est moins connue, mais pas moins alarmante. Elle provoque l'eutrophisation des milieux aquatiques, du fait du faible bouclage du cycle du phosphore et de sa dispersion dans le milieu. Par ailleurs, l'utilisation massive des phosphates pose un problème grave : cette ressource étant essentiellement minière, elle risque de s'épuiser rapidement.
Les nitrates et phosphates représentent les principales sources de pollution des eaux souterraines ou de surface, qui concerne 70 % du territoire français. En application du principe pollueur-payeur, il convient d'instaurer une taxe sur les engrais azotés et phosphatés pour les exploitants agricoles. Cette proposition est tout à fait réaliste : les données existent, nous connaissons précisément les quantités d'azote et de phosphore dans les sols grâce notamment aux travaux du groupement d'intérêt scientifique sur les sols (GIS sol), d'autant que les agriculteurs, en supers techniciens, réalisent consciencieusement des bilans de leurs sols. La mise en œuvre d'une telle disposition ne pose donc aucun problème technique.
Les simulations économiques montrent que la taxe doit atteindre 50 centimes d'euros par kilogramme pour avoir un caractère incitatif. L'argument de la compétitivité et de la distorsion de concurrence n'est pas recevable, puisque d'autres pays nous ont déjà précédés dans cette voie : le Danemark a instauré une taxe à 70 centimes d'euros, les Pays-Bas une taxe de 35 centimes.